El Colegio fue fundado en 27 de agosto de 1957 siendo provincial Fray José Miguel López, en una adecuación que se hizo del edificio del convento de San Francisco.
El 18 de octubre de 1962 fueron aprobados oficialmente los estudios. En junio de 1964 el Boletín Provincial decía que "avanzan satisfactoriamente los trabajos de nivelación del terreno situado en Regivit para el nuevo Colegio San Luis Rey; por ahora funciona allí toda la Primaria". El traslado definitivo a la nueva sede de Regivit se hizo en 1974, siendo rector el padre Fray Javier Bernal.
El 24 de octubre de 1977 se inauguró la nueva residencia para la comunidad. El 1 de febrero de 1984 se estrenó un tramo nuevo. El Definitorio Provincial aprobó, en su sesión del 5 de mayo de 1986, el proyecto para construir una residencia nueva para los religiosos.
El 22 de octubre de 1998 la gobernación del Quindío declaró "el Colegio San Luis Rey como mejor Colegio del departamento del Quindío".
