El 23 de octubre de 1961 fueron oficialmente aprobados los estudios del Colegio San Francisco. El edificio donde funcionó el colegio se vendió a la firma "Almacenes Vivero S.A" en 1997.
En su sesión del 6 de agosto de 1983 el Definitorio estudió el proyecto de las nuevas directivas del colegio de comprar un lote fuera de la ciudad para construir allí el colegio, que efectivamente fue adquirido en 1985. La bendición e inauguración de la primera etapa de esta nueva sede, a donde se trasladaron el preescolar y la primaria, en la vía a Puerto Colombia, tuvo lugar el domingo 10 de marzo de 1991. En su sesión del 14 de abril de 1997 el Definitorio aprobó los planos para la construcción de la nueva casa de los religiosos del Colegio. El 5 de noviembre de 1998 el arzobispo de Barranquilla, Monseñor Félix María Torres, autorizó la apertura de una nueva casa religiosa franciscana en la ciudad, "esperando que para la Comunidad y para la Arquidiócesis sea ocasión de nuevos beneficios". Por su parte, el Definitorio Provincial, en su sesión del 28 de noviembre, aprobó la fundación de la nueva Casa Franciscana, cuyo decreto de erección canónica, firmó el Ministro Provincial el 17 de diciembre de 1998, colocándola bajo el patrocinio de San Juan de Capistrano.
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